第二季：
联合军驻地：
联合军接回GA17，劫下载有变种人兄妹的飞船，金宫从心网追踪到驻地位置派海拉摧毁GA17的核心，变种人兄妹逃至中立区，主角小队和联合军大部队均赶往基地
米德加尔特：
金宫发现金蝰蛇地下轨道站的阴谋，罗烈去打开八号箱证明清白，放出间谍机器人刺穿阿萨的计划
变种人驻地：
老族长派诺瓦将瑞一行带到营地，其在告知瑞真相时雾神现身短暂连接GA17，金宫再次派出托瑞斯彻底解决瑞，为救米娅诺瓦进入失控盖洛斯化状态，耶梦加得不明原因［一说紫雾，一说瑞击中了尖兵弱点（脖子）］失控被诺瓦击晕，被前来拔GA17核心的罗夏拔走核心，托瑞斯肉身也被金蝰蛇带走，瑞被蓝雀救上飞船植入耶梦加得核心，紫雾控制时被以太结晶解救再次降临拯救变种人族群，族群返回慕斯贝尔，瑞一行赶回联合军基地
金蝰蛇总部：
蓝雀用阿斯嘉特的情报得知了外星入侵和方舟计划
联合军基地：
联合军舰队和GA17出发进攻阿斯嘉特
阿斯嘉特：
古瑞德为一网打尽帮瑞解除了阿斯嘉特的护盾，联合军飞船失灵用救生舱登陆阿斯嘉特，AI加斯告诉瑞元星过往、外星入侵、方舟计划与63.7%和0.0049%的成功几率，蓝雀通过学生罗阻连接上GA17告知主机位置，将军显露对赫雅的情愫送瑞进入中央主机，瑞找到“赫雅”后击落阿斯嘉特完成了“她”的愿望，加斯理解了帕克斯对人类的希望，阿斯嘉特坠落
慕斯贝尔：
变种人兄妹见“流星”滑落默默许愿
金蝰蛇总部：
金蝰蛇利用纳米毒素与核心的资料开始铺设他们的计划
