伴随着一曲慷慨激昂的《欢乐颂》，身穿宇航服的唐志军在地球人的睽睽众目中被消防车吊出了窗外，带着滑稽、荒诞的色调，以及略带悲剧的喜感，送上了救护车。一通悲喜交加的折腾后，他回到现实世界，继续着他荒谬而浪漫的“宇宙探索”。
随后，肖斯塔科维奇《第二圆舞曲》渐渐响起，轻柔、优雅的节奏感，还带着点忧伤的光晕，一个满怀理想之人开始翩然起舞，正如第一章的标题：“追UFO的人”（像是《走近科学》的画风），配合伪纪录片的拍摄手法似乎也挺搭。
年轻时的唐志军，面对镜头侃侃而谈，无比浪漫地畅想着头顶的星空，而几十年后，他却如当年手中捏起那一粒沙尘般渺小，在阴郁的房间里端着饭碗狼吞虎咽，对着一台满是雪花的电视出神。曾经他可以站在天文台、站在辽阔的土地上自信从容地讲演；如今却只能缩着肩膀，战战兢兢地往返于精神病院和单位的筒子楼。对于唐志军来说，时间从不会困扰他理想的脚步，然而宇宙那么大， 现实却那么“小”——几十年的折腾反倒让这个清秀小伙子被现实空间压缩成一个沉闷古板的大叔。暖气费、讲座费、出游费让他不得不而为此费脑子，拉的赞助只换回一个果篮......欢迎的条幅也不知道被替换了多少次，单位的人要他养着，没工夫听他谈天说地，似乎只有秦彩蓉勉强“支持”他的事业。
伪纪录片式的采访，让所有人物都可以毫无遮蔽地展示自己的内心。但片中的唐志军似乎从未坦露自己的内心，只会一本正经地对着观众科普，而他的身世是由秦彩蓉讲述的，此后那日苏、晓晓也是因为他的一些经历选择加入。整个第一章，唐志军所呈现出的无非是面对理想的偏执于无奈，但作为主角的他却有本事能撑起一个编辑部，也许是出于包容、亦或是妥协，他似乎总可以被人关照着，以至于让观众猜测：一个无时不刻都在损他骂他的秦彩蓉，为什么还要在这个单位跟随他这么多年呢？
进入“蜀道难”篇章，唐志军和秦彩蓉踏上了第N+1次“西游记”，内蒙气象小哥那日苏和杂志粉丝晓晓组成了“师徒四人”。带着对外星人的神秘期待，这似乎会是一场追逐繁星的浪漫之旅，然而端着泡面的唐志军却直截了当地说：“艺术只是人类摆脱现实压迫的一种工具，但人类的困境时一直存在的。”像是在说：“我们是为了真相、为了科学才去寻找的。”这与那日苏、晓晓两个年轻人的想法完全不同。找外星人固然很酷，有好奇心也值得鼓励，可这些对于唐志军来说，只是理想的点缀，甚至可以说，唐志军几乎要遗忘了现实世界，只期待着外太空的灵光一闪。
然而现实的无聊与荒诞不仅压迫着唐志军的肉体空间，还折磨着他的精神空间——硅胶外星人、宇宙功德箱（520块钱）、石狮子、鸟烧窝......让唐志军彻底魔怔了。直至他找到顶着饭锅的孙一通时，他的浪漫理想才在鸟烧窝再度被点燃。再看第三章的标题：“等待麻雀降临的少年”。唐志军也跟他一样，等待着外星人的奇迹降临。于是，巴赫的平均律C大调缓缓响起，孙一通用四川方言的诗朗诵像是在填词。唐志军的理想又一次开始在现实中酝酿，只是苦了唐彩蓉、那日苏和晓晓。于是数十天的等待，总算换回上天赐予的一场回报——这次赌赢了，理想世界与现实世界总算为这个孜孜不倦的苦行僧打开了一道探寻真理的裂隙。然而这还没完，唐志军这下彻底孤注一掷了，开始跟着孙一通一起“朝圣”。悠扬舒缓的《圣母颂》响起，大地护佑着这群追逐理想的人们。
看似引人入胜的第四章“西南深处”，却因秦彩蓉被咬、那日苏醉酒烧窝而让整个队伍分崩离析。于是面对上山与下山的选择，唐志军只好一个个安慰：“你在这里陪他们等车，少喝点酒。”（那日苏，喝酒只会让你自我陶醉，酒鬼找外星人一点也不酷），“有好奇心是好事。”（晓晓，好奇心可以给予前进的动力，可除了好奇心，还有什么可以让你坚持的呢）。
至于秦彩蓉，唐志军没有说话，反倒是她对他吼道：“你就是永远想不明白！”秦也许是了解唐的，可唐能不能理解她呢？
就这样，只有唐志军走到了终章：未尽之路。他像女儿曾经做过的那样，用胡萝卜引着一头驴肆意狂奔。正是：衣上征尘杂酒痕，远游无处不消魂。此身合是诗人未？细雨骑驴入剑门。
孙一通为他留下最后一首诗和一句提问，在群鸟簇成的球状物中飞出了洞穴。只剩下唐志军望着这一切默默发呆。
于是，经历了一场外星人与灵异事件的“洗礼”后，唐志军总算回到那个鲜活的现实，灯光亮起，烟尘如旧，春暖花开。外甥婚礼上，他将经历的事件讲述成抒情诗，编辑部休刊前，他又将他过往的人生化为一首无可言喻的泪诗，肖邦E大调练习曲想起。理想无可奈可的离别，亦是现实的重新开始。
回头看这么多年，唐志军一直认为探索太空、追逐外星人是他唯一的理想，只因科学是唯一的真理，他便用科学的教条摈弃掉一切生活的“多余之物”，无论家庭、人际、还是日常饮食起居，他统统不以为意。无论被骗多少次，他依然追逐那唯一的“真理”，却从未认清生活的真相。真正改变他的，也许是那个顶着锅念诗的孙一通，孙一通的回答总让唐志军迷惑不解却又莫名被吸引。他引着唐志军走进鸟烧窝，告诉他生活可以是另一种样子，又带着走进深洞，让他看到酷似基因双螺旋的洞穴壁画。像是一位“诗神”引着一只无枝可依的乌鹊，直至寻回归巢的路。走出唯一真理观的唐志军，用泪水念出了写给女儿诗句，编辑部的窗台上，不再是杂乱的刊物，而是盛满绿色的、被孙一通戴过的一只铁锅，桌上的HelloKitty加湿器，氤氲着墙上的合影，现实世界的温暖成了新的“真理”。
大鹏展翅图南，学鸠腾跃蓬蒿，小大之辨，各适其性。唐志军也许释然了：让宇宙的归宇宙，生活的归生活。最后的最后，镜头缓缓升起：地球回到太阳系、太阳系回到银河系、银河系回归星云、星云回归星团、星团化为创生之柱，宇宙融进温柔无垠的基因链中......
片名被译作“Journey to the west”，不如就稍稍过度解读一下，按《西游记》的设定看看这几个人的身份定位：
唐志军，不妨就当做那个絮絮叨叨又古板木讷的唐僧。一心西行，磨难重重，直至明心见性，了悟生之真谛。
秦彩蓉（类比孙悟空不太合适），一路骂他、损他、却是刀子嘴豆腐心。
那日苏，一个在气象局工作的酒鬼，跟着唐志军只因“找外星人这个事情就很酷”，但他不知道唐志军真正追求的是什么。
晓晓，仿佛是唐志军平行时空中的女儿，睡前要吃药助眠，小时候也有一个追逐繁星的梦想，满满的好奇心，视唐志军为偶像，最后也是唐志军主动要求与她握手。
孙一通，如果大胆猜测的话，他更像是《西游记》原著中那个神秘的“乌巢禅师”。向唐僧传授《心经》，时不时用偈语点明唐僧。
如此，《宇宙探索编辑部》更像是一部颠转的、另类的“西游记”：觅取“真经”后（探索外星人，相信科学真理），开启一路的磨难（蜀道难），谁知师徒皆散，只有他一人骑驴踏上征途。在神明孙一通的“点化”中（乌巢禅师），回到车水马龙的长安街（北京），开启新的生活。
多说一句，片中时不时出现的那个大胡子小红帽（陨石猎人），更像是个“走火入魔”纯粹理想者。总是骑着“飞碟”一路寻星，最后却不知所踪。比起在理想与现实间游移不定的唐志军，小红帽的出现或许对他也是一种提醒。
唐志军接纳了现实生活，也没有放弃他的太空理想，只是他不再偏执地追寻那个理想的“裂隙”，而是将那道“裂隙”化为生活的艺术，化为一首无言的抒情诗，为他的女儿、为秦彩蓉、那日苏、晓晓、孙一通、为世上的一切生灵，赐予无垠的幸福。
